В норме надглоточный уровень дыхательных путей заселяют условно-патогенные микроорганизмы, которые под воздействием агрессивных условий эндогенной и экзогенной среды могут приобретать свойства патогенных .
Резидентная микрофлора слизистой зева насчитывает свыше 200 видов генетически чужеродной информации, в числе которой стрептококк, псевдомонада, актиномицеты, менингококк, кишечная палочка, эпидермальный стафилококк, клебсиеллы пневмонии, нейссерии. На функцию мерцательного эпителия с развитием застойной обструкции оказывает влияния местная микробиота: золотистый стафилококк, гемолитический стрептококк, листерия, бранхамеллы, бордетелла, гемофильная палочка, бацилла Леффлера, пневмококк, грибы.